Monumentalni mramorni glavni oltar Svetištu je 1692. godine darovao brat tadašnjeg gvardijana, zagrebački sudac Ivan Uzolin. Pripisuje se radionici goričkog majstora Giovannija Pacassija.
U središtu oltara je čudotvorna slika Majke Milosti, znameniti triptih Gospe Trsatske. Slika je dar pape Urbana V., i 650. godina je u trsatskom Svetištu.
U pobočnim su nišama pune skulpture sv. Franje i sv. Ivana. Arhitektonskom i figuralnom plastikom osobito je bogato raščlanjena atika oltara. Raskoš pojačava uporaba raznobojnog mramora i mramornih inkrustacija. Umecima mramora izvedeni su i mali figuralni prikazi Stigmatizacije sv. Franje na vratnici svetohraništa i Bogorodice s Kristom na antependiju. Dva lučna prolaza s drvenim oslikanim vratnicama omogućuju ophod uokolo oltara. Prostor iza oltara služio je za odlaganje zavjetnih darova.
Crkva je stoljećima slovila kao najpovlaštenije moguće mjesto ukopa u regiji. Za Frankopane je, naravno, bila rezervirana grobna kripta ispod podnice samog svetišta. Ne treba zaboraviti da je to i mjesto prvobitne, predfranjevačke crkve i same Bogorodičine kuće, u vrijeme dok se ta relikvija, prema predaji, nalazila na Trsatu. Grobna je ploča vrlo izlizana, pa je danas prekrivena sagom da se zaštiti ono što je ostalo od reljefa i natpisa. Ondje izvorno, od druge
polovice XV. stoljeća, počivaju utemeljitelj samostana, Martin Frankopan sa suprugom Dorotejom i njihov nećak Bartol. Ukop Bartola memoriran je natpisom, dok je bračni par prikazan u reljefu.
Podno supružnika je štit sa šestokrakom zvijezdom, stariji grb Frankopana. Ovdje je u brončanom sarkofagu bio sahranjen i Nikola IX. Frankopan koji je umro 1647. godine u Beču, a jedno je vrijeme bio hrvatski ban. Dinastija Frankopana, jedna od dviju najvećih u hrvatskoj feudalnoj povijesti, dugo je nakon izumiranja golicala maštu hrvat skog puka. Tako je uz podzemlje svetišta vezana mjesna legenda o čudesnom zlatnom konju sv. Martina, od kojeg franjevci prema potrebi uzimaju dio, koji zatim opet naraste. Sredinom XX. stoljeća svetište je popločano zelenkastim mramorom i ukrašeno ciklusom slika (Prijenos Svete kućice, Svečano krunjenje lika Bl. Dj. Marije 8. rujna, 1715. godine, Zavjet Petra Kružića, Knez Nikola Frankopan šalje izaslanstvo u Nazaret, Zdravo Zvijezdo mora). Izradio ih je zagrebački slikar Vladimir Kirin.
Glavni oltar i slika Majke Milosti
Kovana rešetka iz 1707. godine, jedinstveno djelo hrvatske barokne umjetnosti i raspelo na kovanoj rešetki
i grobna kripta ispod podnice samog Svetišta.
