Trijumfalni luk svetišta
Mramorni oltar sv. Mihovila nalazi se u glavnoj lađi, lijevo od trijumfalnog luka Svetišta. Ovaj prvorazredni kamenoklesarski rad izveden je početkom XVIII. stoljeća, sredstvima koja je oporučno ostavio senjski biskup Sebastijan Glavinić. Visoko zanatsko umijeće ogleda se u vještom komponiranju različitih vrsta jednobojnog i višebojnog mramora. Osobito je lijep minijaturni prikaz sv. Mihovila koji ubija Sotonu u središnjem medaljonu na predoltarniku (antependiju). Palu s arhanđelima Mihovilom, Gabrijelom, Rafaelom, malim Tobijom i pripadnicima anđeoskih hijerarhija s presvetim Trojstvom na vrhu, 1631. godine naslikao je Švicarac Serafin Schön. Taj slikar-franjevac na Trsat dolazi oko 1630. godine, na poziv, gotovo odmah nakon velikog požara koji je poharao samostan. Boraveći ovdje više od desetljeća, samostanu ostavlja veliki slikarski opus. Njegove je slike lako prepoznati po gracilnim, maniristički izduženim likovima svijetle puti i prozračnoj draperiji halja. S posebnom je pažnjom slikar prikazao lik sv. Mihovila, zaštitnika fra Mihovila Kumara,tadašnjeg provincijala franjevačke provincije Bosne – Hrvatske i začetnika grandiozne obnove samostana.
Oltar sv. Mihovila
Mramorni oltar sv. Mihovila nalazi se u glavnoj lađi, lijevo od trijumfalnog luka Svetišta. Ovaj prvorazredni kamenoklesarski rad izveden je početkom XVIII. stoljeća, sredstvima koja je oporučno ostavio senjski biskup Sebastijan Glavinić. Visoko zanatsko umijeće ogleda se u vještom komponiranju različitih vrsta jednobojnog i višebojnog mramora. Osobito je lijep minijaturni prikaz sv. Mihovila koji ubija Sotonu u središnjem medaljonu na predoltarniku (antependiju). Palu s arhanđelima Mihovilom, Gabrijelom, Rafaelom, malim Tobijom i pripadnicima anđeoskih hijerarhija s presvetim Trojstvom na vrhu, 1631. godine naslikao je Švicarac Serafin Schön. Taj slikar-franjevac na Trsat dolazi oko 1630. godine, na poziv, gotovo odmah nakon velikog požara koji je poharao samostan. Boraveći ovdje više od desetljeća, samostanu ostavlja veliki slikarski opus. Njegove je slike lako prepoznati po gracilnim, maniristički izduženim likovima svijetle puti i prozračnoj draperiji halja. S posebnom je pažnjom slikar prikazao lik sv. Mihovila, zaštitnika fra Mihovila Kumara,tadašnjeg provincijala franjevačke provincije Bosne – Hrvatske i začetnika grandiozne obnove samostana.
Oltar sv. Katarine
Današnji mramorni, inkrustirani oltar sv. Katarine, desno od trijumfalnog luka (gledano od glavnih vrata), podignut je u XVII. stoljeću. Bio je treći u nizu na tom mjestu, nakon svoga gotičkog i ranobaroknog prethodnika. Donirala ga je Ana Sorsiana rođena Petreković, kako je zabilježeno na natpisu na oltarskoj predeli. Oltar goričkih majstora samo se u detaljima
razlikuje od nasuprotnog oltara sv. Mihovila. Baš kao i kod njega, središnja je pala s prikazom
sv. Katarine s mučenicama znatno ranijeg postanka, a naslikao ju je također fra Serafin
Schön. Aleksandrijska mučenica prikazana je i na predoltarniku tehnikom inkrustacije.
Trijumfalni luk svetišta; Oltar Sv. Mihovila; Oltar Sv. Katarine
Oltar sv. Ivana Nepomuka
Drvorezbareni polikromirani oltar sv. Ivana Nepomuka nalazi se na južnom zidu glavne lađe. Svetac je prikazan unutar baldahina koji pridržavaju anđelčići. Okružen je skulpturama franjevačkih svetaca; Sv. Franje Solanskog i sv. Petra Alkantarskog sa strana i Sv. Paskala na oltarskoj atici. Oltar je posvećen 1727. godine. Poput ostalih drvorezbarenih oltara u crkvi izradila ga je franjevačka radionica kranjskog (slovenskog) podrijetla i južnotirolskih utjecaja. Trsatski su franjevci u XVIII. stoljeću i upravno bili vezani za Kranjsku. Radionica je ostavila značajan broj djela na Trsatu, boraveći ovdje dvadesetih godina XVIII. stoljeća. U skladu s ondašnjom modom ovi oltari su bili drvorezbareni i bojeni tako da imitiraju ukras višestruko skupljih mramornih, inkrustiranih oltara.
Oltar sv. Nikole
Zaštitnik pomoraca u ovoj se crkvi častio već početkom XVI. stoljeća. U prvoj polovici XVII. stoljeća oltar je obnovljen, a iz 1631. godine je pala sv. Nikola sa zagovornicima, djelo fra Serafi na Schoena. Na knjizi koju drži svetac sačuvao se originalni slikarev potpis. Sv. Bonaventura prikazan je u reljefu atike oltara kako sjedi na oblaku. Na lijevom pobočnom postolju puna je skulptura jednog sveca Turcisveca biskupa, dok je na desnom prikazan Sv. Antun Padovanski.
Oltar sv. Ivana Nepomuka i oltar Sv. Nikole